Dessau nằm trên vùng lũ nơi sông Mulde đổ vào sông Elbe. Điều này gây ra lũ lụt hàng năm. Tồi tệ nhất là trận lũ lụt đã từng xảy ra trong năm 2002, khi huyện Waldersee gần như hoàn toàn bị nhấn chìm trong biển nước. Phía nam của Dessau là một khu vực cây cối rậm rạp gọi là Mosigkauer Heide. Cao nhất là 110m, một bãi rác cũ có tên là Scherbelberg ở phía tây nam của Dessau. Dessau được bao quanh bởi nhiều công viên và cung điện và đây là một trong những thị trấn xanh ở Đức.